Експозиції та фондовий матеріал музею широко використовується в навчальному процесі студентами природничо-географічного та хіміко-біологічного факультетів стаціонарної та заочно-дистанційної форм навчання. Викладачами кафедри фізичної географії і геології, доц. Прохоровою та ст. викл. Непшою О.В., розроблені тематичні колекції до практичних занять із тем «Кристалографія», «Класи мінералів», «Гірські породи», «Форми збереження викопних організмів», «Викопні рештки керівних форм безхребетних». Матеріали музею широко використовуються студентами в самостійній роботі при визначення мінералів та гірських порід.
На базі фондових матеріалів музею виконуються наукові дослідження студентів, які знайшли відображення в курсових, дипломних та магістерських роботах. Фондовими матеріалами музею користуються слухачі МАН м. Мелітополь при виконанні учнівських наукових робіт. На базі музею проводяться тренінги з визначення мінералів та гірських порід з вихованцями центру туристично-краєзнавчої творчості учнівської молоді м. Мелітополь та вчителів географії загальноосвітніх шкіл міста і Мелітопольського району.
Щорічно в музеї проводиться більше 30 тематичних екскурсій для учнів загальноосвітніх шкіл, студентів вищих навчальних закладів України та для тих, хто цікавиться геологію.
25 вересня 2003 року до святкування 80-річчя МДПУ імені Богдана Хмельницького відбулося урочисте відкриття оновленого музею історії. Для його створення були використані матеріали книг істориків-краєзнавців С.В. Воловника та М.В. Крилова, книги педагогів Ю.П. Болотіна та М.М. Окси про історію рідного закладу освіти, а також матеріали довідок всіх структурних підрозділів університету.
Більшість цінної інформації та експонатів було зібрано завдяки М.В. Елькіну, М.В. Донченко й К.В. Рудченко (нині Палій). У музеї історії знаходяться цінні експонати, що були передані працівниками і колишніми випускниками закладу або їх рідними. Деякі експонати є досить унікальними.
Структура музею складається із стендів і вітрин, на яких представлена історія та сучасність університету. В сучасному стані представлені всі структурні підрозділи навчального закладу. Матеріали цих стендів і вітрин оновлюються кожні 5 років до нового ювілею ЗВО. На одному зі стендів золотими літерами відмічені імена видатних випускників університету різних років. З кожним оновленням музею історії відбувається поповнення імен видатних випускників на цьому стенді.
Під час існування музею у книзі для почесних гостей наявно близько 130 відгуків, залишених видатними гостями з Болгарії, США, Канади, Франції, Китаю, ректорами, професорами та доцентами різних ЗВО, директорами підприємств, відомими вітчизняними політиками, керівниками уряду, видатними діячами різних країн світу.